Cytospace(網(wǎng)絡(luò)分析軟件)v3.8.0免費(fèi)版

Cytospace是一個(gè)用于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析的開源網(wǎng)絡(luò)的軟件，可幫助用戶集成，分析和可視化數(shù)據(jù)，它支持多種網(wǎng)絡(luò)描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，或者利用軟件本身的編輯器模塊直接構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)。

功能特色

支持多種標(biāo)準(zhǔn)

Cytoscape支持很多標(biāo)準(zhǔn)的網(wǎng)絡(luò)和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導(dǎo)入由其他應(yīng)用程序或電子表格程序生成的數(shù)據(jù)文件，如表達(dá)譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節(jié)點(diǎn)、邊和網(wǎng)絡(luò)上的任意屬性。例如，為您的蛋白質(zhì)輸入一組自定義注釋術(shù)語(yǔ)，為您的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用創(chuàng)建一組置信值。

公共數(shù)據(jù)庫(kù)客戶端

Cytoscape是作為一個(gè)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫(kù)，導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫(kù)，并導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫(kù)開發(fā)新的服務(wù)客戶端。

互操作性

由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個(gè)由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語(yǔ)言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

會(huì)話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個(gè)會(huì)話文件中。它被稱為Cytoscape會(huì)話(.cys)文件。Cytoscape 會(huì)話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點(diǎn)和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

布局

在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機(jī)布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動(dòng)布局工具。

圖像導(dǎo)出

您可以將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應(yīng)用程序(如Adobe Illustrator)進(jìn)行修改，以進(jìn)一步增強(qiáng)。

VizMapper

使用強(qiáng)大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡(luò)上查看基因表達(dá)比和p值的疊加。 表達(dá)數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點(diǎn)顏色、標(biāo)簽、邊界厚度或邊界顏色等。

篩選

過濾網(wǎng)絡(luò)，以根據(jù)當(dāng)前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點(diǎn)和/或相互作用的子集。 例如，用戶可以根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點(diǎn)、共享特定GO注釋的節(jié)點(diǎn)，或在一個(gè)或多個(gè)條件下基因表達(dá)水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點(diǎn)。您可以從過濾結(jié)果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡(luò)。

檢索

從搜索窗口搜索目標(biāo)節(jié)點(diǎn)和邊。Lucene語(yǔ)法支持任意復(fù)雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡(luò)。使用網(wǎng)絡(luò)管理器可以輕松組織多個(gè)網(wǎng)絡(luò)。而且這種結(jié)構(gòu)可以保存在會(huì)話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)(100,000+節(jié)點(diǎn)和邊)。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網(wǎng)絡(luò)/途徑模塊。根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡(luò)，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達(dá)水平。 每個(gè)子網(wǎng)絡(luò)中包含的相互作用為控制觀察到的表達(dá)變化的調(diào)控和信號(hào)傳導(dǎo)相互作用提供了假設(shè)。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡(luò)中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的簇已被證明是蛋白質(zhì)復(fù)合物和途徑的一部分。蛋白質(zhì)相似性網(wǎng)絡(luò)中的簇代表蛋白質(zhì)家族。

應(yīng)用管理器和應(yīng)用商店

可用于網(wǎng)絡(luò)和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個(gè)用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、導(dǎo)入和可視化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從App Store中安裝(這是Cytoscape 3的一個(gè)功能)。