BIO-RAD CFX Maestro是一個(gè)化繁為簡的BIO-RAD定量PCR數(shù)據(jù)處理大師,軟件能夠操作所有CFX系列實(shí)時(shí)定量PCR儀,進(jìn)行實(shí)驗(yàn)設(shè)置、儀器操作和數(shù)據(jù)分析,軟件全面整合了數(shù)據(jù)采集、統(tǒng)計(jì)學(xué)分析(t- 檢驗(yàn)、方差分析)和用于出版發(fā)表的結(jié)果導(dǎo)出功能,為實(shí)時(shí)定量 PCR 儀實(shí)驗(yàn)提供了一站式的解決方案。
軟件應(yīng)用
背景簡介:
肌萎縮性脊髓側(cè)索硬化癥(amyotrophic lateral sclerosis,ALS),俗稱“漸凍人”,是一種運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元疾病,病人表現(xiàn)出因上運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元和下運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元變性所致的肌無力、肌萎縮等癥狀。為研究其是否存在細(xì)胞自噬的病理,研究者將ALS患者和其他非ALS類型包括包涵體肌炎(inclusion body myositis,IBM,一種慢性炎癥性肌病)樣本等進(jìn)行比較。觀察ALS病理的一種已知標(biāo)志物磷酸化TAR DNA結(jié)合蛋白43(pTDP-43)以及調(diào)節(jié)細(xì)胞自噬的P62蛋白的特異性表達(dá)情況。除用到免疫組化、免疫熒光的方法外,研究人員也對這兩種蛋白對應(yīng)的基因TARDBP 和SQSTM1 進(jìn)行了qPCR實(shí)驗(yàn)分析比較,以下是具體的過程。
樣本設(shè)置:
ALS樣本組——ALS1-ALS5共5個(gè)生物學(xué)重復(fù);
IBM樣本組——IBM1-IBM3共3個(gè)生物學(xué)重復(fù);
陰性對照組——MSC1-MSC3共3個(gè)輕微神經(jīng)源性肌萎縮樣本生物學(xué)重復(fù);
空白對照——1個(gè)無模板對照
基因設(shè)置:
2個(gè)目的基因——TARDBP,SQSTM1;
2個(gè)參考基因——GAPDH,RPS18;
所用到的染料法引物對均來自于Bio-Rad提供的PrimePCR Assay。
板面布局:
12個(gè)樣本×4個(gè)基因,1個(gè)96孔板做2個(gè)重復(fù),共做2個(gè)96孔板(即2個(gè)批次實(shí)驗(yàn),各4個(gè)技術(shù)學(xué)重復(fù))。
數(shù)據(jù)分析方法:
將TARDBP 和SQSTM1 表達(dá)用兩個(gè)參考基因(GAPDH,RPS18)進(jìn)行均一化,兩組患者分別與對照組進(jìn)行相對均一化基因表達(dá)比較,顯著性檢驗(yàn)采用非配對t 檢驗(yàn)。